Năng lực cạnh tranh quốc gia chưa được cải thiện rõ rệt. Theo diễn đàn kinh tế thế giới (WEF) thì năm 2005 chỉ số cạnh tranh quốc gia của Việt Nam 81/117 quốc gia được xếp hạng (năm 2004 là 77/104, 2003 là 60/102). Điều này có nghĩa là năng lực cạnh tranh quốc gia hay chất lượng của sự tăng trưởng kinh tế của Việt Nam, đang bị giảm sút trong những năm gần đây là thách thức cần được vượt qua. Cơ cấu xuất khẩu chưa lành mạnh, chuyển dịch cơ cấu diễn ra chậm và thiếu chủ động. Quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế của Việt Nam thường diễn ra chậm chạp và luôn bị động dẫn đến đầu tư dàn trải, thiếu quyết tâm và thiếu tầm chiến lược.
Lợi thế so sánh về chi phí nhân công đang giảm dần. Kinh tế trong nước ngày càng phát triển, thu nhập cư dân ngày càng tăng sẽ là một khó khăn thách thức trong việc tìm kiếm những lợi thế cạnh tranh mới thu hút đầu tư nước ngoài.
Hệ thống cơ sở hạ tầng phục vụ xuất khẩu còn nhiều hạn chế, đặc biệt là khi qui mô xuất khẩu tăng lên ở mức độ cao hơn trước. Hệ thống kết cấu hạ tầng như sân bay, cảng biển, đường giao thông… còn hạn chế sẽ tiếp tục là những yếu tố ảnh hưởng đến sự phát triển của hoạt động xuất nhập khẩu.
Thủ tục Hải Quan và thuận lợi hoá xuất khẩu sẽ là những vấn đề cần tập trung giải quyết để có thể đẩy mạnh được hoạt động xuất khẩu của Việt Nam trong thời gian tới.
