Trong nhiều năm qua các quốc gia đã cùng nhau đàm phán để từng bước giảm thiểu những trở ngại trong hàng rào thuế quan và hàng rào phi thuế quan trong quan hệ mậu dịch quốc tế nhằm tạo điều kiện thuận lợi hơn cho việc phát triển thương mại quốc tế cả bề rộng lẫn bề sâu. Tự do hoá thương mại đều đưa lại lợi ích cho mỗi quốc gia dù trình độ phát triển có khác nhau và nó phù hợp với xu thế chung của nền văn minh nhân loại. Không nằm ngoài quy luật đó, để tạo điều kiện cho thương mại điện tử phát triển, các nước đã có sự khuyến khích, cam kết không đánh thuế vào các giao dịch điện tử, tránh tạo ra hàng rao ngăn cản thương mại điện tử. Tuy nhiên với một quốc gia như Việt Nam, thuế là nguồn thu chính của ngân sách nên việc không đánh thuế TMĐT chắc chắn sẽ có ảnh hưởng không nhỏ. Nhằm đảm bảo phát triển TMĐT tại Việt Nam, thuế đánh vào TMĐT phải quán triệt nguyên tắc rõ ràng, minh bạch và công bằng. Không áp đặt các loại thuế mới riêng cho TMĐT. Hàng hóa và dịch vụ mua bán qua mạng và vận chuyển đến người tiêu dùng phải được đánh thuế theo quy định thông thường. Bên cạnh đó nên giảm thuế cho các hàng hoá dịch vụ trong TMĐT và không nên đánh thuế đối với việc luân chuyển hàng hoá và dịch vụ đó nhằm khuyến khích các giao dịch qua mạng, thúc đẩy sự phát triển của TMĐT.
Mặt khác, do hoạt động TMĐT rất khó kiểm tra xuất xứ và được thực hiện với tốc độ cao nên có nhiều nguy cơ trốn hoặc lậu thuế. Vì vậy, các giao dịch cần được khai báo nhằm đảm bảo nguồn thu của chính phủ và ngăn chặn sự lũng đoạn thị trường. Thuế gián thu, đặc biệt là thuế VAT, là loại thuế có thể tạo ra sự ổn định cho ngân sách, dễ xác định đối tượng chịu thuế, tránh thất thu và đảm bảo công bằng. Chính vì vậy, việc áp dụng thuế đối với hàng hoá và dịch vụ trong TMĐT nên dùng thuế gián thu. Chính phủ cũng cần phải có cơ quan chuyên trách liên tục kiểm nghiệm các phản ánh của người sử dụng TMĐT để có một chế độ thuế thích hợp, tương ứng.
